在日斩继位火影后，日斩任命团藏为火影辅佐，给了团藏极大的信任和权力。
但由于日斩没能延续第二代火影治理宇智波一族的基本方针，因此使团藏背负起了村子的黑暗。
于是团藏以“暗部培训部”的名义，培育了自己的势力——“根”。
根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。三代默许了这些。
团藏和根成为了木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁。
日斩曾让自己最喜欢的徒弟大蛇丸担任团藏的亲随，足见日斩对团藏的器重。
日斩是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根。两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。
木叶村一直有一个隐患，那就是封印在村内的九尾，初代火影死后，木遁这种封印尾兽的手段失传了。
于是日斩和团藏举全村之力展开对柱间细胞的研究，想要让木叶重新拥有木遁，但随着大批志愿者在实验中牺牲，三代不得不喊停，所有相关记录都作为黑历史被封存。
但团藏却没有放弃，他不在乎要牺牲多大，不达目的不罢休，他伙同大蛇丸偷偷从周边村落绑架婴儿，私自进行试验，六十多名婴儿几乎全部死去。
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