至于为何会发生这种变化，赵甲兵猜测与那个原始封印有关。本暂时性的进化在蒜头身上，好像成了常态的模样。
他记得最初mega进化是因为在很久以前，有一名训练家在与路卡利欧结伴来到了卡洛斯地区时，找到了两块不可思议的石头，出现了最初的超级进化。
超级进化的关键在于玩家身上的进化钥石与宝可梦携带的超级石所产生的共鸣，据说只有训练家与宝可梦之间拥有足够深的羁绊，才能引发两块石头隐藏的力量。
当训练家与宝可梦的心意相通，两块石头共鸣之时，宝可梦将会发生超级进化。
要进行超级进化，必须在对战之前，由该宝可梦携带相对应的超级石，也要有一定的亲密度。
战斗时，主角以食指和中指触碰另一手手腕上超进化环中的进化钥石，和宝可梦身上所携带的超级石产生共鸣，使宝可梦在该回合对战双方使用绝招之前发生超级进化。
但并非所有人的键石都放置于超进化环上，例如道馆训练家可尔妮的键石位于手套上、闪焰队首领弗拉达利的键石位于戒指上、冠军卡露乃则放置于项链上。
条件方面，在每场对战中，主角的队伍只能有一只宝可梦发生超级进化，但队伍里可以存在多只携带超级石的宝可梦，在对战未结束之前，已进行超级进化的宝可梦无法变回原来的样子。
就算交换也一样，且即使该宝可梦濒死，其他宝可梦也无法进行超级进化，复活后也只能恢复一般状态，无法再次进行超级进化。对战结束后，已进行超级进化的宝可梦将会恢复原样。
通过超级石进化后的宝可梦，在种族值、属性、特性都可能会有所改变。
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