三代目火影默许了这个事实并答应鼬保护他的弟弟。
鼬加入晓组织后与雾隐村的叛忍，忍刀七人众之一的枇杷十藏组成了搭档共同干活。
在一次潜入水之国的任务时被四代水影矢仓追击，十藏为了保护鼬而受了重伤，鼬使出了天照秒杀了尾兽化的矢仓，而十藏也因伤势过重而死亡。
在一次单独行动中被当时还属于晓组织的大蛇丸盯上欲夺其身体，但大蛇丸最终不敌鼬的幻术而落败，迫使大蛇丸离开晓组织。
之后参与了对飞段的劝说并与和十藏同样来自雾隐村的叛忍，忍刀七人众之一的干柿鬼鲛组成搭档。
受到天道佩恩的命令后与鬼鲛、蝎一同来到岩隐村对迪达拉进行劝诱，并与迪达拉展开一对一的战斗，使用幻术轻松制服了迪达拉。
由于晓组织的命令，鼬与鬼鲛负责捕捉九尾的任务，曾与鸣人、卡卡西等人交手。
在大蛇丸毁灭木叶计划中三代目火影使用尸鬼封尽而牺牲，宇智波鼬和鬼鲛以刺探木叶情报为由。其实是为了警告团藏不许对宇智波佐助出手。
进入木叶村与旗木卡卡西等人第一次交战，并对卡卡西使用月读，使卡卡西精神崩溃昏迷了一个月之久，并刺激盲目对自己复仇的佐助最终导致佐助叛逃出村投奔大蛇丸，追求力量。
之后使用天照逃出了自来也通灵的大蛤蟆的胃中。
在风影我爱罗被迪达拉和蝎抓走并抽走一尾时为了拖延时间，鼬与卡卡西，漩涡鸣人等人再次交战，由于不是本体，最后被鸣人等人击败。
鸣人在追踪佐助的途中遇到了宇智波鼬，宇智波鼬对鸣人施展幻术，在幻术中知道鸣人带回佐助的决心，决定将这件事托付给鸣人，同时将带有止水左眼的乌鸦放入了鸣人体内。
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