随着街机版的更新，在单人模式中以随机闯入的形式登场。游戏中，玩家会被强制拉入超梦创造的异世界中被迫与其战斗。
其力量强大得超乎常理，能够一击摧毁类地球行星。然而若按照游戏中的说法，暗影超梦其实是正常超梦的衰弱状态。
“安”是与暗影超梦一起出现的迷之少女，对超梦有着特殊的情感。胸前的胸针正是共鸣石原石。
安在年幼的时候曾受了暗之共鸣石的蛊惑，险些被附身，是超梦突然出现拯救了她，代价却是代替安被暗之共鸣石附身、化身成了暗影超梦。
由于暗之共鸣石不断吸收超梦的能量，为了延续生命，超梦被迫无休止地奔波战斗、寻找补充新的共鸣能量。这样虽然能保住超梦的性命，却也令暗之共鸣石不断成长。
最终竟导致超梦的意志被淹没。
暗之共鸣石更加肆意膨胀，让无数个由共鸣能量链接的平行世界陷入全体崩溃的危机。而希望则在于能够和超梦产生共鸣的主角。
主角一行人藉由共鸣石原石的力量，再次进入了超梦创造的异世界。然而力量被暗之共鸣石强行过载的暗影超梦已是无敌之身，一切攻击一切状态皆对其无效。
主角即将支撑不住之时，与超梦共鸣的天赋迸发而出，竟然唤醒了超梦的意识。
对宿主失去掌控的暗影能量走投无路，冲破禁锢开始倾泻蔓延。与此同时共鸣原石充能完毕，最终共鸣原石的力量占了上风，压制并封印了暗之共鸣石的力量。
超梦则成功与暗之共鸣石分离、获得净化。
其中《宝可梦广播剧：超梦的诞生》是剧场版的补完性作品，相当于《宝可梦：超梦的逆袭》的前传。
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